Vladimir SEO

Не совсем понял что значит  "Трафик перешёл на новый домен".

Но заходы идут на новый домен и на старый домен с поиска. Тк в выдаче висят оба домена.

Ну на поиске оба домена висят. Новый домен проиндексировался полностью.

Это мелочь по сравнению с потерей ссылочного, которое является более долгоиграющее, чем учётный или не учтённый отказ. 

Изначально был домен medknizhkamsk.ru. После того как домен попал в реестр РКН, зарегистрировали домен medknizhkamsk.com и с делали зеркало домена.

Прошло боле месяца. В Яндекс зеркала давно склеились. А в Google нет. В поисковой выдачи висят оба домена.

301 редирект со старого домена на новый настроили. В Serarch Console перенос адреса сайта настроили.

Подскажите почему могут не склеиваться зеркала домена в Google? 

Смотря для каких целей. Если нужен домен чтобы потенциальные клиенты запоминали его и по памяти вводили, так как он ассоциируется с названием компании, то №1. Если же это неважно, а люди будут находить сайт в ПС, то лучше второй вариант.

Попробуйте не одну страницу, а пакетом. Весь семантический кластер.
Нужно закинуть штук 50 и посмотреть, сколько было не релевантных и без индекса. И сколько осталось после переиндекса.
Сразу и потом еще раз, через  пару дней. Потому как их опять переколбасит, но не все.
И не нужно будет этих  верю/не верю.... пробовал - не получилось...  Оно работает)
Проверено на достаточных статистически выборках. В яндекс вообще по 200/день бывает закидываю

Как и написал, то, что он в принципе держать в индексе не хочет, частично вылетит и/или обратно переколбасится по релевантностям, но, немало и остается.