Вообще ispmanager SuexecUser в конфиги апача автоматом добавляет. Можно проверить так ли это.
crontab -e
Потом добавляете строку 0 5 * * * php /var/www/html/cron.php >/dev/null 2>&1
Для работы с Unix'ами нужно понимание архитектуры, приблизительное представление о том как всё это работает. А далее уже просто смотрите команды и документацию по ним.
Работают Unix'ы приблизительно одинаково и для изучения основ я бы рекомендовал HandBook FreeBSD.
Если нужны именно книги, то O'Reilly - Unix In A Nutshell и FreeBSD. Подробное руководство (Absolute FreeBSD: The Complete Guide to FreeBSD) Автор: Майкл Лукас
find dir -name *.php |xargs -I% sh -c 'mv % %.bak && cat %.bak |sed -e "s/^<?$/<?php/" >%'
код оставляет после себя бэкапы с расширением .bak
