Очень сильно заинтриговали, что это за панель такая. Не поленился и скрин ниже :)
http://i.piccy.info/i7/5831052a5925cff7dea19a5193a43a4e/1-5-2246/41738609/inst.jpg
Не обязательно, может быть еще и /var/, /boot.
тыц
Ну также
тыц 2
Допустим, посмотреть в логах количество обращений с ip.
Ограничения в nginx, ставьте количество процессов для Вашего сайта, нагрузка на cpu.
+
Пишите скрипт, анализатор, который будет банить.
Или едьте на другой хост.
Раньше такого не могло быть. Попросите хостера Вам дать бэкапы хотябы за последние 2 суток, или очень старые. Сравните index.php
Вы засунули main.tpl в index.php?
Можете попробовать DLE.
Да, совершенно нормально.
Как мне кажеться, смотрите в сторону оптимизации движка.
Скорее всего, сливают трафик в партнерки.