UPD, я там немного накосячил когда вписывал код в html, относительный путь указал. щас исправил, вроде все заработало.
Так то для каждой директории свой фавикон можно установить. И получается что если в html он прописан, ответ сервера на запрос фавикона браузер не интересует.
https://yandex.ru/support/webmaster/ru/search-results/favicon
Как минимум код вставки тегом <link rel="icon" ..., в head секцию