В данном случае Z:/home/localhost/www это DOCUMENT_ROOT домена localhost, а мой_сайт это просто подпапка локалхоста поэтому денвер делает все правильно.
Чтобы было так вы хотите создайте папку мой_сайт в папке Z:/home/ а в папке мой_сайт создайте папку www в которую уже поместите свои файлы. После это надо перезагрузить денвер.
100к это довольно мало, поэтому можно спокойно открывать и закрывать соединение на каждой странице. Хотя тут вариантов не много, либо mysql_connect либо mysql_pconnect (собстенно эта функция и работает с пулом). Вообще открытие и закрытие соединения гораздо меньше влияет на нагрузку нежели сами запросы (их количество и "качество"). Так что лучше задуматься об оптимизации запросов.
Для работы с бд посмотрите на http://php.net/manual/ru/book.pdo.php
