Верить стоит именно панели вебмастера. А что вам мешает присвоить сайту регион Россия например? Трафик с других регионов вы не потеряете и вопросы о присвоенном регионе отпадут.
А по поводу малого количества трафика при запросах в топе - быть может запросы не слишком частотные и их просто никто не задает?
Слишком мало информации для анализа
А вы не пробовали тоже самое спросить у Платонов? Возможно, они смогут ответить более-менее внятно.
Скорее всего, Вам нужно просто подождать еще немного и сайт попадет в индекс. Как вам уже сказали такая ситуация объясняется быстророботом.
Нужно проверять сайт на афилированность с каким-то другим. Если сайт по какому-либо нч вообще отсутствует в выдаче, хотя и страница есть, и ссылки, то нужно именно в этом направлении копать.
301 редирект лучше делать со всех старых страниц на новые.
Думаю стоит добавить, что 301 редирект учтется не скоро - может пройти до 2 месяцев (если речь про Яндекс, конечно)