Зашел в корневой директорию аккаунта открыл .htaccess, который перекрывает правила .htaccess во вложенных папках доменов, там:
RewriteEngine On RewriteCond %{HTTP_HOST} ^site.com.ua RewriteRule (.*) http://www.site.com.ua/$1 [R=301,L] ErrorDocument 404 /404.htmladddefaultcharset OFF adddefaultcharset OFF
изменил его на:
RewriteEngine On RewriteCond %{HTTP_HOST} ^site.com.ua RewriteRule (.*) http://www.site.com.ua/$1 [R=301,L] ErrorDocument 404 /404.html adddefaultcharset OFF
Вроде все заработало.