добавьте после keepalive_timeout
В исходном коде перед <! doctype или в яваскриптах .js в конце
добавьте после keepalive_timeout 65;
proxy_connect_timeout 600;
а теперь осталось найти причину: "чем" напостили и как это "чем" на сайте оказалось (99% оно есть и грязь повторится)...
Зачем запрещать, постепенно переделывай - постепенно и переиндексируется...
Чем то очень Дрысю с окнами напоминает...
ТС вы бы еще у директора магазина спросили...
список репозиториев, ищи на них
ай-болит, ссылку ищи в прикрепленной теме
вас скорее всего взломали и закинули в какую либо папку левый скрипт, ищите посторонее, закрывайте дырки движка и модулей, меняйте пароли...
ТС анализируй логи, покажи урл...