Могу помочь платно, большой опыт работы с HyperVM.
Пока не запилят поддержку в libvirt довольно проблемно использовать.
Поднятия ДЦ можно не ждать?
К HyperVM легко прикручивается pygrub, после чего можно использовать на Debian собственные ядра,
и проблемы с таймером исчезают.
Что говорит
cat /proc/mounts
Пробовал ремонутить убрав/добавив квоты из fstab?
mount -o remount /
Смотрите логи HyperVM. Там видно будет если это проблемы у HyperVM или rootpanel не так работает с api.
В крайнем случае, поставь linux в VirtualBox.
Попробуйте переставить grub на обоих дисках.
На сервере несколько дисков? Вы уверены что загрущик установлен на том-же диске что и система?
Как вариант переставить grub.
Покажи /boot/grub/grub.conf.
