Давайте вы напишете поконкретнее, что нужно, и желательно сам файл .htaccess от джумлы, а я гляну, и постараюсь прикинуть, мож выйдет чего.
__________________
хотя если там ссылки генеряца с index.php в урле, то это бестолку думаю
RewriteRule ^/index.php/article/(.*)$ /article/$1 [R=301,L]
Упрощённо кагбэ так.
К сожалению не знаком с джумлой, поэтому не знаю, что там, да как работает. :)
Проверь сайт через XENU.
Потом для красных строчек ( это ссылки с 404 ошибкой) проверяешь страницы, которые на них ссылаются, правишь - убираешь все ссылки.
Запрет индексации в роботс в принципе тоже может помочь.
ЧПУ убирать бы не советовал, всё-таки так "опрятнее", имхо.
По соц.закладкам прогонялся, но только главная страница. Вы имеет в виду каждую страницу прогнать?Или это реклама Вашего сервиса?;)
Но в любом случае спасибо за советы.