Чтобы перенаправить site.ru/index.php на site.ru/ нужно в файле .htaccess в корневом каталоге сайта добавить следующий код:
RewriteEngine On
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.php\ HTTP/
RewriteRule ^index\.php$ http://site.ru/ [R=301,L]
Если я не ошибаюсь, должно сработать. Проверьте потом обязательно.
