LinuxMan

Может быть, закэшировалось в памяти php. Opcode или подобное...

Вообще, ваш конфиг можно улучшить.

root /var/www/site.ru;
index index.php index.htm index.html;
location / {
  try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
}

Из кодекса: https://codex.wordpress.org/Nginx#General_WordPress_rules

Если ссылки открываются в новом окне, значит, дело в каком-то плагине, типа wp noexternal links, или каком-то ещё, который добавляет target blank к ссылкам.

Если, конечно, этот атрибут напрямую не прописан в базе.

Минт 18 основан на Убунту 16.04, где уже нет php5. Нужно добавить репозиторий с пакетами от убунту 14.04 и тянуть php5 оттуда.

/etc/apt/sources.list.d/ubuntu-trusty.list:

deb http://ru.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty main 
deb-src http://ru.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty main 

В /etc/apt/preferences.d/ создать файл ubuntu-php с содержимым

Package: *php5*
Pin: release a=trusty
Pin: version 5*
Pin-Priority: 1000

Обновить кэш и установить. :) Как-то так.

Потому что дублируется и такой конфиг, как вы написали, уже есть.

Какие-то плагины кэширования установлены?

Попроще чем? :) Вёрсткой - да. А вот даже простой блог собрать - времени больше займёт, чем ВП. Надо же tickets установить и настроить, чанки подправить под себя и т.д.

Потому что не

rewrite  ^(.*) https://$server_name$1 permanent;

А так:

rewrite ^ https://site.ru$request_uri permanent;

В проверке данных владельца домена/компании.

ispconfig никто не советует? Есть у неё какие-то минусы? :)

По input type password на странице, например. :)

Не брал, но, судя по тому, как сложно туда попасть со своим шаблоном, думал, что качественно. :)