ushi, причин может быть несколько. К примеру, счетчики установлены в разных местах, разные временные зоны в настройках, фильтры (боты, собственные посещения и т.п.).
В Метрике есть «таймаут-визита», который тоже можно настроить. Ну и зеркала. Если счетчики установлены на зеркалках, то собирают общую статистику.
Чтобы понять причину, нужно разобраться в целом, кто как собирают статистику.
smart2web, да, такие масштабные изменения нужно делать только после создания резервного бекапа и желательно в Notepad++ (массовая автозамена). Менял 50 страниц, все получилось. А как сразу тысячу, даже не знаю.
Как-то пренебрёг этой истиной и потерял несколько страниц контента.
