Вы сейчас про Яндекс говорите?
домен с/без www иногда приходится добавлять - как правило только в Google вебмастере так делаю, т.к. там есть доп возможность указать основной домен у обоих.
Но основное все же host в robots и редирект на основной. Но ладно, речь не об этом.
Получается, никак их привязать к основному домену не получится? Обычно добавляю всегда отдельно, но задался таким вопросом, т.к. подумал, может есть такая возможность, а я время теряю)
Сталкивался с подобной ситуацией и поступил следующим образом:
1) Сделал две категории страниц с пагинацией (бренды и обувь, например): в одних прописал каноникал, в других нет
2) Прописал правило в роботс на запрет индексации страниц с пагинацией кроме первой
3) На страницах товаров имеется перелинковка посредством вывода популярных товаров и рекомендаций
Что имеем в итоге:
1) Страницы с пагинацией ни одной из категорий не находятся в индексной базе
2) Товары со страниц с пагинацией индексируются и спокойно ищутся. Причем как из категорий где каноникал прописан, так и с тех где нет.
Поэтому, думаю, что проблема в другом.
cms кст opencart, но сомневаюсь, что это как-то должно изменить результаты.