Выбери веб сервер, далее изменить и поставь галочку на nginx.
Была, недавно схожая ситуация. Написал в support. В течении суток получил следующий ответ.
"Здравствуйте!
Хотелось бы отметить, что при анализе сайта история домена не имеет значения, алгоритмы оценивают качество сайта на текущий момент. Поэтому Вы можете не беспокоиться, даже если ранее на данном домене был размещен "плохой" сайт.
Главное, чтобы актуальный сайт был интересен и полезен пользователям, а также на нем не использовались приемы, направленные на обман поисковых систем.
--
С уважением, Платон Щукин
Служба поддержки Яндекса"
