jkm

word <a href="http://site1.ru">site1.ru</a> word http://site3.ru word word <a href="http://site2.ru">site2.ru</a>

Это последствия применения <\/a>.* которая захватит максимально любых символов до конца строки.

Можно поправить выкинув из шаблона все лишнее оставив только (\s)(http:\/\/[\w\.\-\_%]*)

Но не сработает если ссылка в начале текста или обернута в другой тег <span>http://site3.ru</span>.

Решить можно так:

$html = preg_replace('~
            \G
            (
                (?:
                    [^h<]+
                    |
                    <a.*?</a>
                    |
                    (?!(?2)).
                )*+
            )
            (http://[-._%/\w]*)~ix', 
            '\1<a href="\2">\2</a>',
    	    $html
	);

Правила обрабатываются в том порядке, в котором объявлены в файле. Достаточно выше добавить отдельное правило для /index.html

RedirectMatch 301 ^/index\.html$ http://evakuator116.ru/

RedirectMatch 301 (.*)\.html$ http://evakuator116.ru$1

Это можно сделать так

RedirectMatch 301 ^/.+(?<!\.html)$ http://www.site.com$0.html

Или так

RedirectMatch 301 ^/[^.]+$ http://www.site.com$0.html

Чуть поправить одно правило и расставить в правильном порядке

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

RewriteRule ^(.+)/$  http://www.site.ru/$1 [R=301,L]



RewriteCond %{HTTP_HOST} ^site\.ru$ [NC]

RewriteRule ^(.*)$ http://www.site.ru/$1 [R=301,L]

В %{THE_REQUEST} будет строка вида "GET /articles/index.php?go=article&id=123 HTTP/1.1"

RewriteCond %{THE_REQUEST} \?go=article&id=([^\ &]+)
RewriteRule ^ /articles/article-%1.html? [R=301,L]

RewriteCond %{THE_REQUEST} \ (/prog/[^?]+\?)
RewriteRule ^ %1 [R=301,L]

Часто ошибочно ставят правила для редиректа в самый конец после конструкций вроде RewriteRule .* index.php [L]

После этого редирект не работает.

Если хочется изврата, то как-то так:

RewriteCond %{QUERY_STRING} (page=[^&]+)
RewriteCond %1\ %{QUERY_STRING} ^(\S+).+(id=[^&]+)
RewriteCond %1&%2\ %{QUERY_STRING} ^(\S+).+(cat1=[^&]+)
RewriteCond %1&%2\ %{QUERY_STRING} ^(\S+).+(cat2=[^&]+)
RewriteCond ?%1&%2\ %{THE_REQUEST} !^(\S+)[^?]+\1\ HTTP
RewriteRule ^ /?%1&%2 [R=301,L]

Ну тогда применить аналогичный шаблон с RewriteRule

RewriteEngine On

RewriteRule ^dir/index.php(?:/(.*))?$ /dir/$1 [L,R=301]

Ставить в самое начало файла.

А ставите правила в .htaccess который в корне сайта или может в папке /dir/?

Шаблон ^/dir/index.php(?:/(.*))?$ совпадает с адресами

/dir/index.php

/dir/index.php/pathtopage.html

Шаблон ^/dir/index.php/(.*)$ совпадет только с адресами вида /dir/index.php/pathtopage.html

Правила составлены верно. Проблема может быть если поставили их не в самое начало, а после других правил. Например после RewriteRule . index.php [L]

RedirectMatch 301 ^/([^/]+)/news1/$ /$1/news2/