Перетасовать их тоже в соответствие с новыми ид.
http://www.google.ru/search?hl=ru&newwindow=1&client=opera&hs=BHd&rls=ru&sa=X&ei=1fZlT8n0DILA8QPxpMm7CA&ved=0CBwQvwUoAQ&q=%D0%9A%D0%B0%D0%BA+%D0%BF%D0%B5%D1%80%D0%B5%D1%81%D1%87%D0%B8%D1%82%D0%B0%D1%82%D1%8C+%D0%B8%D0%B4+%D1%83+%D0%BF%D0%BE%D0%BB%D0%B5%D0%B9+auto_increment&spell=1
Ну так а вы правильно прописали путь? Сейчас он ищет там где вам нужно ROOT/site.ru/index.php
Еще удалите слэш перед /site.ru
RewriteRule ^site.ru/ - [L]
RewriteRule (.*) site.ru/index.php [L]
Нет, мне кажется он все же ищет файл в корень ROOT.
А так
RewriteRule (.*) /site.ru/index.php [L]
Тогда остается
RewriteEngine On
вообще без rewriteBase
RewriteRule ^shop/ http://%{HTTP_HOST}/ [R=301,L]
Если у вас сайт находится в /mysite/site.ru/
а реврайты обращаются к /mysite/index.php
попробуйте прописать RewriteBase /site.ru/
или совсем в лоб, весь substitution (подстановка) index.php? сменить на site.ru/index.php?
Сделайте сначала тестовый, не торопитесь изменять весь htaccess.
Старый забэкапте, и создайте новый с такими правилами
RewriteBase /site.ru/
RewriteRule (.*) index.php? [L]
Поиграйтесь с правилами пока не заработает
ТС, а что актуально, вирус вроде вы удалили? Или хотите дыры залатать?
ПС
Для справки у ТС-а джумла
Манипуляции выше с rewriteBase пробовали проделывать?
По идее реврайты должны делаться относительно текущей папки где находится htaccess с инструкциями.
RewriteBase /site1.com/
Что-то не очень понятно, рут у вас прописан относительно /mysite/, при обращение к mysite/index.php выскакивает ошибка 404. а где же тогда находится сайт?
Как вариант
RewriteBase /mysite/
или наоборот удалите его
http://community.invisionpower.com/files/category/109-ipconverge-modules/
http://ipbskins.ru/forum/topic8401.html#entry54548
http://forums.ibresource.ru/
http://ipbskins.ru/forum/
http://community.invisionpower.com/
