Добавить после RewriteEngine On
RewriteCond %{ENV:REDIRECT_STATUS} ^$
RewriteCond %{QUERY_STRING} ^autor=([^&]+)
RewriteRule ^autor.php /autor/$1.html [R=301,L]
Все js скрипты показывают время которое установлено на компе у пользователя
Так пустой или "недоступной" это все таки две разные вещи. Она может объявлена но "пустой", или не объявлена но с тем же результатом. Проверять лучше надо, и дебажить лучше всего когда она устанавливается клиенту.
Я точно не уверен, но почитайте как на всякий случай политику безопасности касательно поддоменых аякс запросов.
Что значит "не проставляется"? Каким образом вы это проверяете? Кука не доступна, доступна только на поддомене? Доп опции?
janr и series и другими вы немного ошиблись, так как для них правила реврайта здесь нету. autor по крайней мере должен работать.
Зачем нам эти ссылки? Надеюсь понимаете что это реврайты а значит и проверять нужно чпу ссылками.
Найти место за которое он отвечает. Видно что это флаг, а значит он участвует в условие.
Может. Чем по вашему будет отличаться глобальная кука которая установленна с основного домена и которая установленна с поддомена, если и у той и той стоит .domain.ru? Ничем, они обе глобальные куки.
Значит статика отдается nginx-ом и до апача она не доходит. Подгружайте сразу файл scripts/js.php
RewriteEngine есть? Другие реврайты?
Так в какой кодировке данные, и версия php? До 5.4 с кириллицей в cp1251 проблем не должно быть.
Найти за что отвечает параметр htmlconv и там ее задать, или почитать документацию по шаблонизатору каким образом это можно сделать