RateMeUp

В программе RateMeUp можно успешно накручивать два счетчика Google Analytics одновременно. Она "видит" тот, который встречается в коде страницы первым. Поэтому можно запустить две копии программы из разных папок, запустить поиск счётчиков в первой программе, затем переставить счётчики местами в коде страницы, запустить поиск счётчиков во второй программе и запустить накрутку в обеих. Есть и другие способы,  могу написать по запросу в личку.