Все конкретные рекомендации выложены на сайтах ПС.
http://help.yandex.ru/webmaster/?id=996567
Правильно Вам пишут: закрывайте дубли, не сорите малозначимыми страницами. По той иерархии, что выложена Вами на скрине невозможнос догадаться об устройстве дублей. ПС и др. видят не сами файлы php, а результат их выполнения.
ЗЫ. не забудьте закрыть дубли ещё и в .htaccess.
Как Вы себе это представляете: на странице сайта отображается целый блок с настройками перелинковки? Может быть речь всё-таки идёт о компоненте?
Ну можно хотя бы средствами CMS. Возьмём для примера Joomla, где можно показ модуля в зависимости от статуса пользователя. Делаете два типа модулей, и разграничиваете показ. Для одного типа один блок рекламы, для другого - второй.
Delchel, вообще переезд джумлы лучше всего было делать с помощью спецсредств типа Akeeba Backup, тогда и ничего не потеряется, и разворачивание на новом месте выполняется предельно просто.
Так и пусть там лежит. Сделайте следующие сайты в папках www/site2.com/public_html, www/site3.com/public_html и т.д., и они не будут пересекаться с первым сайтом.
Если надумаете с БД, то рассмотрите кандидатуру MaxSite CMS.
Директива Redirect относится скорее к модулю mod_alias, чем к mod_rewrite, так что RewriteEngine не имеет к ней прямого отношения. В отличие от RewriteCond и RewriteRule.
Может быть HTML ?
