clamscan для файлов на сервере, clamav-milter для Postfix.
clamd у Вас нормально работает. Ошибка из-за непонимания как работает clamd. Внимательнее читайте документацию.
Проще с помощью clamscan проверить работу:
clamscan /etc/rc.conf
Запрос через netcat и /var/run/clamav/clamd.sock сокет?
Вы наверно повторно запускаете clamd. Если clamd уже запущен нужно через сокет команды посылать.
Лог должен быть в /var/log/clamd.log.
Откуда "ERROR: LOCAL: Socket file /var/run/clamav/clamd.sock is in use by another process." ошибка?
clamd запущен. clamav-milter должен работать. Ошибка из clamd лога?
Попроси техподдержку сделать cron задание для очиски файлов из mod-tmp старше одного дня.
Создай скрипт с вызовом phpinfo()
Проверить путь до mod-tmp через phpinfo(). Если не поможет, то пиши в техподдержку.
Лучше выбрать "каждый час". Но нужно заменить user123 на реальное имя пользователя в комманде.