Не стоит беспокоиться, это нормальное положение вещей.
Вот тут более подробно:
/ru/forum/739049
/ru/forum/792529
http://help.yandex.ru/webmaster/controlling-robot/html.xml#canonical
ВадимВасильев, думаю, что стоит сначала определиться под какие ключевые слова вы будете продвигать вашу главную страницу, а затем уже составить для нее заголовок.
Данное сообщение еще не означает, что ваш движок верно возвращает код 404. На самом деле он может возвращать и "200 OK". Рекомендую проверить, например, при помощи вот этого сервиса.
Раз старые страницы есть в индексе, я бы настроил 301 редирект со старых адресов на новые.
