Интерфейс нового инструмента предельно простой и понятный. В разделе «Синонимы» предлагается добавить в одной колонке слова, которые встречаются в запросе, а в другой – синонимы, которые соответствуют этим словам. Количество вводимых слов из запроса и синонимов не ограничено. Кроме того, инструмент начинает работать сразу после добавления синонимов.
В настоящий момент Яндекс.Поиск для сайта использует все технологии веб-поиска Яндекса. Он учитывает морфологию, исправляет ошибки и опечатки, содержит поисковые подсказки. В результатах локального поиска также можно размещать рекламу. Кроме того, в апреле 2012 года в Поиске для сайта появилась возможность уточнения результатов поиска, а в феврале 2013 года заработал «семейный фильтр». В июне 2013 года Яндекс.Поиск для сайта стал показывать видео и картинки в выдаче.