Что делать со страницами 404?

Так сделайте и для них 301-й редирект на соответствующие им новые адреса

Программой Comparser спарсите выдачу site:вашдомен, экспортоните в эксельку список страниц с кодом ответа 404 (проверяет код ответа по url прямо с выдачи) и проставьте редиректы.

forsage01, удалить из индекса. Такое количества 404 страниц не на пользу проекту.

Вы хоть это, изучите ошибки клиента, прежде чем странные советы давать.

Вот когда изучите - будете давать правильные советы:

Если известно, что документ по этому адресу больше не существует, сервер должен отправлять вместо этого статуса 410 Gone.