AJAX - не ждет длинного ответа и выдает "что есть"

Так вот ответ должен выдаваться, когда скрипт выполнится целиком. А Ваш скрипт выдаёт его раньше времени.

вот так должен выглядеть ответ

т.е. ответ 200 и в ответе то, что ты планировал отдать из PHP. Если JS начал выполнятся раньше , чем ты увидишь получение ответа сервера в строке состояния, то значит JS надо выполнять через callback ожидая завершения AJAX запроса.

infant, Судя по моему заголовку - это таймаут в 5 секунд, который и дает повод отдать что есть в мой AJAX, а самому продолжить выполнять скрипт. То есть мне ответа нет - выполнение и завершение есть. Учитывая, что я могу полазить по серверу - само собой ответ мне понятно дело ясен и результат я вижу без проблем.

Давай или скрины и пациента.

У Вас всё смешалось. Апач - это апач, а пхп - это пхп.

Ну и зачем тогда вопросы задавать, если ответ ясен?

Это не таймаут в вашем понимании. Это сервер говорит вашему браузеру, что он поддерживает Постоянное HTTP-соединение такая спецификация протокола HTTP 1.1.

2-3-5 минутное ожидание выполнение одного AJAX запроса, как вы хотите, было обречено с самого начало на провал. Выше я уже писал как в таких случаях можно делать.

ini_set('default_socket_timeout', СЕКУНД);