nginx + PHP5-FPM Где настраивать, в nginx или в .htaccess

Правила нужно менять в nginx

.htaccess - это файл управления Apache - соответственно если нет его, то и файл этот работать не будет.

можете подсказать что на что менять?

Почитать подробнее можно здесь:

http://nginx.org/en/docs/http/converting_rewrite_rules.html

Нужно добавить строку, в конфиг nginx, как именно конвертировать, к сожалению не подскажу.

Лучше подождать, форумчане, которые точно знают, напишут.

Можно воспользоваться конвертером из .htaccess в формат nginx:

https://winginx.com/ru/htaccess

пробовал, похоже не приемлемо то, что он конвертит, или я не туда вставил(nginx.conf)

Sah, там написано: разместить в секции server {} конфигурационного файла nginx. туда размещал?

размещал, nginx ложится

Sah, а на что Вам менять-то надо?

rewrite ^/([A-Za-z0-9_/\-]+)\.html$ /$1.php?$args;

Как пример. А после него обработчик php

rewrite ^/([A-Za-z0-9_/\-]+)\.html$ /$1.php?$args;

я ноль в том, что такое обработчик php

rewrite ^/([A-Za-z0-9_/\-]+)\.html /$1.php?$args;
fastcgi_pass  unix:/var/run/php5-mysite.sock;

Типа того