Редирект всех страниц с /index.php на главную через .htaccess

А index.php это не главная? Вообще так:

RewriteCond %{THE_REQUEST} " /index.php(.*) "
RewriteRule ^ http://site.ru? [R=301,L]

Если имелось ввиду index.php с get параметрами. То так:

RewriteCond %{THE_REQUEST} " /index.php\?(.*) "
RewriteRule ^ http://site.ru? [R=301,L]

Index.php главная (но сайт сайт на html), похоже был настроен редирект на http://mysite.ru/

По умолчанию у меня был такой .htaccess

Ваши варианты попробовал, но не помогло, просто редиректит с http://site.ru/index.php?page=1036 на =>> http://site.ru/?page=1036

Crazy & Co., а вы точно как написано скопировали? Ничего не удаляли показавшегося вам лишним? ...вроде вопросительного знака.

Точно скопировал, единственное заменил свой домен на mysite.ru

Проверил на своём сайте только что. У меня нормально редиректит:

RewriteEngine on
RewriteCond %{THE_REQUEST} " /index.php\?(.*) "
RewriteRule ^ http://mysite.ru? [R=301,L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME}.php -f
RewriteRule ^.*$ $0.php [L,QSA]
RewriteCond %{THE_REQUEST} ([^\s]*)\.php(\?[^\s]*)?
RewriteRule (.*) %1 [R=301,L]
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.html\ HTTP/
RewriteRule ^index\.html$ http://mysite.ru/ [R=301,L]
RedirectPermanent /index http://mysite.ru/

У меня нет, значит данный .htaccess на моем сайте не работает. Ну ладно, тогда просто закрою индексацию в robots.txt для этих урлов. Спасибо за помощь.

Попробуйте ещё раз, хромом в режиме инкогнито и код этот вставьте сразу после RewriteEngine on. Может просто браузер закешировал прошлый редирект.

Да, похоже вы были правы относительно кэширования браузера, редирект работает, спасибо.