mysqld_multi определяет 2 экземлпяра mysqld2

А Вы это из под пользователя запускаете? В домашней папке есть .my.cnf? Опишите все в /etc/my.cnf, локальный конфиг удалите.

Да, действительно были альтернативные конфиги тут:

/usr/share/mysql/my-default.cnf

/usr/my-new.cnf

/usr/my.cnf

откуда и подсасылвался mysqld2..

---------- Добавлено 19.07.2016 в 10:12 ----------

Сейчас другая проблема возникла - не получается остановить базы mysqld_multi

Пишу: sudo mysqld_multi stop

потом проверяю через report, и они имеют статус "is running".

Если написать sudo mysqld_multi stop с параметром password и указать тут же пароль, то базы нормально останавливаются.

Пароль и юзер в секции [mysqld_multi] точно такие же, которые указываю в командной строке...

Юзер для mysqld_multi использую root

Нужен небольшой костыль для 5.6 в mysqld_multi:

my $com= join ' ', 'my_print_defaults', @defaults_options, $group;

заменить на

my $com= join ' ', 'my_print_defaults -s', @defaults_options, $group;

Подскажите, пожалуйста, в каком файле нужно произвести замену?

maxttor, which mysqld_multi