Закрыть доступ к файлам на уровне сервера через htaccess

Через nginx проще, а вообще можно и на уровне iptables

хмм, а как на уровне iptables реализовать ограниченный доступ к файлу?

делайте через nginx

Только мне показалось, что спрашивали про апач и .htaccess? :)

Добавьте в .htaccess в корне сайта:

<Files "xmlrpc.php">
Order allow,deny
Deny from all
Allow from ваш_IP
</Files>

Показалось.

В условии написано чтобы не лазить в .htaccess всех сайтов. Их видимо много.

Ааа… ну тогда конструкцию <Files>…</Files> нужно запихнуть в конфиг апача, только без <VirtualHost>…</VirtualHost>