Сколько ждать переиндексации

Ждать. Яндекс не такой быстрый, как Гугл.

По личному опыту ждать от 1 до 3 месяцев, яндекс очень и очень тормозит)

Платону нет смысла писать?

В поддержку нет смысла писать, ничего хорошего вам не скажут.

Карта сайта полностью обновляется в среднем за 2 апа. В вебмастере даже высвечивается это при добавлении sitemap

Месяц. Скоро будет кстати по ссылочному переиндексация, думаю попадете.

Да, имел и имею до сих пор этот опыт. С декабря.

До сих пор в выдаче яши несуществующие урлы на несуществующие категории.

Такая же ситуация жду уже 1 месяц.

не меньше месяца. если нет редиректов, то лучше закрыть старые урлы в роботсе и удалить вручную через https://webmaster.yandex.ru/delurl.xml

Яндекс конечно тупит дико. Как бы это не патриотично звучит - но гугл на голову выше Яндекса. Может когда нибудь что-то да измениться)