Что хуже для SEO? (длинный URL с ЧПУ или отсутствие ЧПУ)

лучше структуру делать так:

категории

www.site.ru/category/category-name/

Страницы товаров:

www.site.ru/product/product-name/

тогда не будет проблем если перемещать товар из категории в категорию. Сами просто хлебнули гемора на естественном ЧПУ

что касается какой использовать, то я бы выбрал короткий не ЧПУ, т.к. с длинными ЧПУ были проблемы, а вот адреса без ЧПУ нормально в индекс входят, т.к. прошло время когда какой у тебя адрес в строке играло роль. Но лучше доработать сайт и сделать короткий ЧПУ, т.к. выглядит приличнее, например просто id товара использовать, либо наименование + id товара