Скрипт комментариев посоветуйте.

Они загружаются JSом, в исходном коде их нет. Т.е. на ваш вопрос ответ — нет, не индексируются.

Их _можно_ проиндексировать в полустатике, используя апи и генератор.

Кроном https://disqus.com/api/docs/categories/listPosts/ - получаем комментарии к странице

Неким генератором компилируем то что вытащили в html, соединяем с существующей страницей - здравствуй, индексация.

И это единственный способ индексировать комментарии на статичном сайте - не зависимо от скрипта комментов придется сначала запихнуть их в код страниц.