Почему у сайта 1000 страниц в индексе яндекса?

а сколько должно быть? столько - как в сайтмапе? с большими сайтами такое редко случается. выкачивайте из вебмастера ручками список страниц в поиске и сравнивайте со списком тех, которые по вашему представлению должны быть в поиске - ищите "проблемные" страницы - и предпринимайте какие-нибудь действия в отношении них.

Нижний пункт левого меню редиректит

http://sportchief.ru/katalog/155.html на 404.php

и некоторые пункты правого меню (там где бренды), например,

http://sportchief.ru/brands/30.html

http://sportchief.ru/brands/55.html

отдают пустые страницы с 200 ОК (Кстати, проиндексированные)

По этим признакам предполагаю, что сайт еще не доделан.

Так же могу предположить, что в процессе разработки сайта он был открыт для индесации.

Ну и Яндекс, по широте душевной, проиндкесировал всё что было.

Раньше в правом столбце брендов было раза в 2 больше и эти страницы до пор отдают 200 Ok

Другие страницы, например, http://sportchief.ru/catalogue/leg-muscles/4.html, раньше 404 не отдавали.

Если это так, то нужно ждать полную переиндексацию сайта. Это не быстро. Пол года, наверное.

Как давно вы закрыли лишнее от индексации?