Как Google относится к такому?

Разная тематика, товары, наверно и структура и диз и тд... Так что афилатами считать не должен.

А разница между Я и Г такова наверно из за способа продвижения. Как продвигаете сайты?

Хабаровск - только внутренняя оптимизация.

Москва - анкорные и безанкорные ссылки.

Контент разный на сайтах? Или один и тот же?

Если разный то все ок.

Такое лучше не делать вообще, по факту полный дубляж контента на разных сайтах, что уже не есть хорошо

Полюбить Хабаровск он мог за отсутствия хорошей конкурентности, тем более если сайту 5 лет

Я рекомендую пересмотреть все разделы сайтов на наявность дублей текста, мета тегов, описаний товаров и т.п и максимально уникализировать каждый магазин

Так же просадкой может являться совсем другой фактор, необходимо сперва проверить оптимизацию сайта, корректность robots.txt, актуальность sitemap.xml, наличие дублей внутренних страниц, провести анализ поведенческих, показатели отказов, качество ссылочной массы, если данные показатели в норме - принимать меры по уникализации данных ресурсов

Отношение Яндекса к Хабаровску действительно возможно из за плохой конкуренции.

На москве стоит WP с самописным каталогом, в результате чего могут быть проблемы в коде, но как таковых не наблюдается. Пользуюсь xenu, дублей нет. Наблюдается копирование контента и раскидывание на ГСах.

конечно может посчитать с одинаковыми контактами, в чем проблема Хабаровск перенести на под домен?