Влияют ли ссылки на домен алиас на позиции основного сайты?

Это зависит от того, каким образом вы сделали редирект. Смею предположить, что вы использовали тег редиректа в каждом документе. Яндекс это не любит.

301 редирект в .htaccess прописан, до этого ждал сначала пока Яндекс переклеит домены и сайт открывался по двум адресам, просто хост в роботсе был прописан. Но до того как переклеились домены позиции были на месте. Единственое что пока Тиц не склеился.

А как давно Яндекс проиндексировал все страницы? Рассматриваете ли Вы вариант того, что ТИЦ действительно мог поменяться?

В этот ап выдачи. Поменяться мог но не полностью слететь на ноль. Такой вариан не расматриваю, так как Тиц был за сотню, плюс уже довольно давно.