Идут запросы с интервалом 2 секунды

Скорее всего сайт взломан и превращен в дор.

Проверьте файлы .htaccess на наличие посторонних редиректов (на страницу al_profileEdit.php) и/или основной индекный файл движка, который осуществляет маршрутизацию (index.php в корне).

Также посторонний код и редиректы могут быть в любых файлах, которые инклюдятся в index.php

А Вы открывали адрес http://site.ru/al_profileEdit.php?__query=edit&al=-1&al_id=vk? Там страница постороннего сайта?

Вред - забанят поисковики.

При переходе на страницу http://site.ru/al_profileEdit.php?__query=edit&al=-1&al_id=vk? открывается мой сайт с ошибкой 404

Что предпринять?

Я же написал - проверьте файлы, удалите посторонний код. Потом ищите в логах, как он туда попал.

Разобрались с проблемой? У меня та же история, в итоге из-за этих всех запросов, сервер загружается на 100%

Ддос тяжелыми запросами?

То есть идет запрос, который "тяжко" выполняется и серв перегружается...

Если дор - то должен отдаваться контент...

Проверьте эти стр - есть ли они в выдаче - вдруг при переходе с сайта там 404, а вот с поисковика нет.

Если с безопасностью норм. -то надо настроить двиг так, чтобы не было излишней нагрузки при подобных запросах.

В выдаче этих страниц тоже нет.

Заблокировал все запросы /al_profileEdit.php* через njnix. Эти десятки тысяч запросов заблокированы, сервер наконец-то начал дышать нормально, но это не дает ответа что это было и почему.

Полностью согласен. Дыры ищите.