Как лучше организовать файловое хранилище на сайте?

Доброго времени суток, уважаемые форумчане.

Ситуация такова: собираюсь ставить проект, на котором юзеры будут загружать небольшие (в пределах 3-5 Мб) документы (в основном, doc и pdf).

Пожалуйста, подскажите, как лучше организовать файловое хранилище:

1) хранить файлы на сайте как есть (без добавления колонтитулов, водяных марок и прочих средств «опознавания» ресурса);

2) изначально вынуждать пользователей упаковывать документы в архив (экономия диска и трафа).

Пожалуйста, подскажите, выгоден ли первый вариант с точки зрения поискового продвижения? (с той точки зрения, что на сайте будет много текстового контента). Склоняюсь именно к нему + планирую закрыться Сloudflare для экономии трафика.

Посмотрел схожие сайты («рефератники») - везде реализовано по-разному, но чаще файловые хранилища всё же организованы в виде архивов.

И ещё один вопрос: как защититься от тотального выкачивания всех файлов – отсекает ли Сloudflare «левых» ботов? Или есть ли смысл разрешить читать и скачивать файлы только зарегистрированным пользователям (включая ботов ПС)? (тема ресурса узкоспециализирована и это ограничение может быть оправданным)

Никогда не имел дела с ресурсами подобного вида, и буду благодарен вашим советам. Спасибо!