Options -Indexes?

Так ты просто запретишь отображать серверу при заходе на сайт какие папки на нем есть (это только в том случае, если нету главного файла сайта index.php (index.html). Если этих файлов нет, значит будет при загрузке сайта отображаться список файлов и папок которые на нем есть, а опцией Options -Indexes просто будет белый экран показываться (если пропишешь эту опцию в .хтаккесс).

А зачем вам поддомены? Если не хотите чтоб они индексировались просто удалите и все на сервере.

Файл .htaccess не влияет на индексирование, сам попробуй перейти по адресу http://site.ru/.htaccess и посмотри что будет, ни кто не может посмотреть извне что в этом файле прописано в том числе и поисковики.

За индексирование отвечает файл robots.txt (его поисковики видят и проверяют перед индексированием), вот читай http://help.yandex.ru/webmaster/controlling-robot/robots-txt.xml

Вводил site:мойсайт.ру и в поиске более 10000 страниц поддомена, а не основного сайта. В папке поддомена создал роботс и закрыл полностью индексацию т.к. поддомен просто сайт статистики с отдельной бд, он в поиске не нужен. Почему ПС его приставил к основному сайту без понятие ведь "поддомен" - считается отдельным сайтом. Так-же были страницы вида "Index of" не понять от куда - не с основного сайта.

Посоветовали на основном сайте добавить запись "Options -Indexes". Сайт на dle. Гугл нормально проиндексировал, а яндекс уже более 3-х месяцев не добавил в поиск. Платон ответил ждите у вас всё нормально - ну по скрипту как я понимаю.