Яндекс склеил сайты

Добрый день!

Есть сайт по строительству работаем на один регион, решили развиваться и сделать второй сайт на другой регион. Чтобы не тратить много средств и времени взяли за основу тот же шаблон сайта. На другом регионе все поменяли, все тексты, все описания, все заголовки и даже имена картинок. В роботсе прописали host, в общем вроде все сделали правильно чтоб не склеился. Поставил в вэбмастер на индексацию. Прошло время и Яндекс проиндексировал 25 страниц, почему то Главную не проиндексировал. Причем заголовки проиндексированных страниц совпадают с заголовками на основном сайте. Нажимаю ссылку на первый же заголовок, титл выходит совсем другой (такой что я и указал - правильный).

На сайтах установлены разные счетчики Яндекс метрики, делал анализ нажимал метрику второго сайта выходят НЧ запросы, жму первый запрос по второму региона, как и должно быть вылазит мой ТОЛЬКО первый сайт у которого даже регион в вэбмастере указан другой! Что это? Клей? Аналогично по другим запросам в регионе Екатеринбург вылазит в поиске мой первый сайт. Хотя в вэбмастере на обоих сайтах указаны разные регионы. Также в справочнике организаций тоже указаны разные адреса. Как расклеить? Кто знает?

Сегодня прошел АП в поиске добавились проиндексированные страницы, НО Главной так и нет!?

Еще вопрос почему метрика кажет переходы на первый сайт, коды ведь разные?