Индексация контента если он изменяется для зарегистрированного пользователя

Никак. Всё что недоступно без авторизации, недоступно и поисковикам.

Никак, если там, например, куки используются. Давно делаю кнопки отключения рекламы на сайтах. Никто не жаловался еще :)

можете пример показать, не совсем ясно о чем речь

А вот это большой вопрос. Многие закрытые форумы индексируются.

В любом случае для поиска продумывается публичная часть, и скармливается именно она. Индексировать пользователей и кучу фильтров, страниц пагинации и т.п. дублей не нужно.

Для поисковых ботов прописывается роль (user agent)

На уровне движка?