Как узнать какая тематика рекламы интересует посетителей?

По-моему вы хотите отобрать хлеб у Яндекса и разработать свой учет интересов пользователей и поведенческий таргетинг?

Писать учёт по кликам, а потом смотреть результаты.

Элементарно - никакая. На конкретной веб-странице посетителя интересует её контент, а не реклама. CTR зависит от многих факторов, в том числе от дизайна сайта, его структуры, расположения рекламных блоков, их количества и т.д. Кроме того, с одного и того же сайта, с одной и той же рекламной системой, например, Google Adsense, можно добиться совершенно разного CTR, смотря как рекламу проставить.

в яндекс метрике есть раздел коммерческие интересы. посмотрите, может поможет как то.

Интересно, а в гугл Аналитике есть возможность определить по какой рекламе кликают?

В Яндекс Метрике вы можете посмотреть что интересует определенный процент пользователей, которые посещают ваш сайт и подстраивать рекламу под большинство пользователей.

Вот как можно определять какой именно тематикой интересуются ваши посетители, для этого внимательно просмотрите и проанализируйте, какие-именно страницы на вашем сайте просматриваются больше всех, тематика тех страниц и интересует ваших посетителей. ☝