как удалить все упоминания о домене через SSH

SSH доступ у Вас куда?

Есть какая-то панель на сервере?

Что за софт там используется.

Много факторов.

Удалить можно с помощью rm

Это еще зависит от того, какая линуха там стоит и какая связка...

Если стоит nginx, нужно удалять его файлы, которые связаны с этим доменом.

Стоит apache, валить файлы апача...

Ну и валить базу ... + узнать из конфигов nginxа и apache, куда писались логи...

И кучку других файлов подправить, но не зная что там стоит и как, мало можно посоветовать...

Если отвечать на поставленный вопрос, то:

grep -l domain.ru | xargs rm; find / -name '*domain.ru* -exec rm -r {} \; 

Все зависит от того какая панель установлена (или не установлена). От этого и надо отталкиваться.

Лучше не пытайтесь получить советы, потому как без информации о том, как и что настроено у вас, дать точный совет невозможно.

Не наломайте дров. Проще обратиться к специалистам.