Помогите разобраться с sql запросом из 5 таблиц

В запросах к одноименным полям в разных таблицах используйте алиасы, например

line_city_otpr.id_city AS id_city1,

line_city_prib.id_city AS id_city2,

city.id_city AS id_city3,

и в результатах выборки обращаётесь через эти алиасы (echo $row['id_city1'] как пример)

Что касается city (таблицы), также используйте алиасы INNER JOIN `city` AS c1, например. Естественно, этот алиас и должен использоваться в условиях

Общем, как-то так

SELECT 
                           
                               transport.id_t,
                               transport.marka,
                               transport.gos_number,
                               transport.mesta,
                               transport.description,
                               transport.sorted,
                               
                               lines.id_line AS id_line1,
                               lines.trans,
                   
                               line_city_otpr.id_lco,
                               line_city_otpr.id_line AS id_line2,
                               line_city_otpr.id_city AS id_city1,

                               line_city_prib.id_lcp,
                               line_city_prib.id_line AS id_line3,
                               line_city_prib.id_city AS id_city2,

                               city.id_city AS id_city3,
                               city.city                               
                           
                            FROM `lines`

                            INNER JOIN `transport`
                            ON lines.trans=transport.id_t

                       INNER JOIN `line_city_otpr`
                            ON lines.id_line=line_city_otpr.id_line

                       INNER JOIN `line_city_prib`
                            ON lines.id_line=line_city_prib.id_line

                       INNER JOIN `city`
                            ON line_city_otpr.id_city=city.id_city

                       INNER JOIN `city` AS c2
                            ON line_city_prib.id_city=c2.id_city

А вообще у Вас id_line и id_city одни и теже (вы по ним джойните) - так зачем их тянуть по три штуки, поэтому SELECT я бы сделал так:

SELECT 
                           
                               transport.id_t,
                               transport.marka,
                               transport.gos_number,
                               transport.mesta,
                               transport.description,
                               transport.sorted,
                               
                               lines.id_line,
                               lines.trans,
                   
                               line_city_otpr.id_lco,
                               line_city_otpr.id_city,

                               line_city_prib.id_lcp,

                               city.city  

olympteka, но не могу получить второе имя города, т.е. есть город прибытия и город отправления, по id_city с city вытягиваем имена городов.

Трудно оценивать запрос из пяти тадлиц, не видя таблиц и их взаимосвязей.

Что касается городов, то в SELECT значит таблица city должна фигурировать дважды, например так

city.city AS city1,
c2.city AS city2

исходя из

INNER JOIN `city` ON line_city_otpr.id_city=city.id_city
INNER JOIN `city` AS c2 ON line_city_prib.id_city=c2.id_city

В таком случае у Вас и разные id_city (ночью не разобрался), тогда пробуйте так

SELECT 
                           
                               transport.id_t,
                               transport.marka,
                               transport.gos_number,
                               transport.mesta,
                               transport.description,
                               transport.sorted,
                               
                               lines.id_line,
                               lines.trans,
                   
                               line_city_otpr.id_lco,
                               line_city_otpr.id_city AS id_city1,

                               line_city_prib.id_lcp,
                               line_city_prib.id_city AS id_city2,

                               c1.city AS city1,
                               c2.city AS city2                             
                           
                            FROM `lines`

                            INNER JOIN `transport` ON lines.trans=transport.id_t
                            INNER JOIN `line_city_otpr` ON lines.id_line=line_city_otpr.id_line
                            INNER JOIN `line_city_prib  ON lines.id_line=line_city_prib.id_line
                            INNER JOIN `city`AS c1 ON line_city_otpr.id_city=c1.id_city
                            INNER JOIN `city` AS c2  ON line_city_prib.id_city=c2.id_city

olympteka, большое Вам спасибо, за отличное разъяснение.