Помогите понять простую строчку на PHP.

Эта информация легко подменяется и даже самый ленивый хакер изменяет дату создания фала.

Раз в uploads нашли, то есть вероятность что загрузчик в вашем движке кривой и туда при некоторых изощрениях можно загружать php файлы. Хотя это не факт, т.к. зачастую шелл закидывают туда, где много файлов, чтобы его было сложно заменить. Кстати, там вообще файлы исполняются? Обычно в таких папках лежит фаил .htaccess который запрещает исполнение php файлов.

В ftp.logs посмотрите еще. Если сперли ваш фтп-пароль, то могли просто залить по фтп какие-то файлы...