Что делать с HTML картой?

Делаю уникальную карту сайта.

Можно описать каждую категорию вашего сайта (если их не очень много), где-то на 300-400 символов, ну и сами ссылки на страницы. Выйдет и для ботов нормальная страница и пользователь будет знать, что и где искать.

У меня так не получится - карту СMS создает самостоятельно. И в ней только ссылки.

А она нужна, эта карта? Смотрели анализ переходов? А еще попробуйте рассчитать статический вес с картой и без. Тоже на мысли наталкивает. ☝

Без карты глубина вложения некоторых страниц оказывается слишком большой - до 7. А с картой все норм.

Так если в карте сайта только ссылки, как это может быть дублем контента?!

Видимо, за счет анкоров.

Как это, получается либо анкоры по 1000 знаков или статьи по одной фразе)

по описанию норм карта, можно убрать сквозные ссылки со всех страниц и оствить только с главной

Получается это очень просто.

Карта состоит из анкоров (и их длина не важна). Анкор соответствует названию статьи, то есть тексту в Н1 на странице со статьей. Поэтому все анкоры карты уже есть на соответствующих страницах. По своей сути, карта и есть сборник названий страниц. Фактически, оглавление.

И это нормально, ничего другого и быть не должно.