Google уже месяц не переиндексирует

На эту тему можете почитать http://www.seochat.com/c/a/Link-Development/The-Missing-Link/

В частности описывается как с помощью карты сайта быстренько закинуть все страницы в базу гугла.

Закинуть в базу - это конечно хорошо. А вот кто-нибудь может сказать когда сайты появятся в выдаче (если сайты к примеру с PR=0)

ПР влияет на качество выдачи а не на присутствие в ней.

По логам БОТ пролез почти все, а выдает только 10 страниц

Ну тут только две вещи можно подумать. 1. сервер не выдает код 200 2. надо бы подождать пару дней.

А как тогда Yandex проиндексировал?

был у меня сайтик. Я эмулировал статику в PHP

и были у меня такие ссылки типа http://site.com/html\\$nomer

так вот Yandex все проиндексировал без проблем, а Google заменял "\" на код символа из-за чего ссылка не работала и сервер выдавал 404.

Это я про то, что у разных поисковых систем свои тараканы =)

Но в вашем случае скорее всего надо просто подождать.

А как насчет %3F вместо ?

не знаю, не пробовал

NOMIR, id убрать надо или переименовать.