Вопрос по 2 магазинам одного владельца

Не могут. Счётчики - это javascript, в нём конструкций для получения mac-адреса. И вообще...

Админки, админки... А вам не приходило в голову, что на админку не нужно счётчики навешивать? Отключите - и не будет смысла параноить.

У меня например, вообще админка вынесена на поддомен, чтобы не портить статистику метрики по основному сайту.

Вы никогда не думали, что вы не обязаны скрипты на все до единой страницы вывешивать? Что только аргумент "ну если вы не повесите счётчик на все страницы - то вы и полной статистики не соберёте, а оно вам надо?" заставляет пользователей вешать бездумно счётчик куда ни попадя.

q_metainfo, спасибо за ответ! Просто я не знаю как поставить счетчик только на внешние страницы. Если поставить на страницу главного шаблона, то будет в админке?

И в целом, как Вы считате, стоит ли с двух провайдеров выходить в админки или это лишняя паранойя на Ваш взгляд, если счетчики стандартно установить?

В аккаунты рекламные, разумеется с разных компов собираемся выходить и с разных провайдеров.

Вопрос "как поставить" уже зависит от того, какой движок вы используете, это уже не вопрос по теме этого раздела.

Насчёт уровня паранойи: нет универсальных советов, есть только конкретные рекомендации под конкретный кейс.

порекомендуйте тогда, может ли Метрика передавать данные со счетчика что в админки заходят с одного IP и будет ли это являться основанием для бана одного из сайтов?

И еще 2 вопрос: В случае выявления какой из аккаунтов перестанет показываться? Чтобы оценить возможные риски. В Яндексе, насколько я понимаю,перестанут просто показываться афиллированные объявления, у которых произведение CTR на цену будет меньшим. Т.е. оба аккаунта в случае выявления останутся. А в Adwords что сделают? Есть ли риск что вырубят оба аккаунта из-за афиллированности или они не идиоты до такой степени?

Про риски это вы как раз правильно начали. Взвешивайте риски - а потом назначайте цену, которую вы готовы заплатить.