Основной Google индекс

46 процентов в основном индексе. если сайт относительно новый, то это пока нормально.

это в каком месте вы увидели 46% в основном индексе? (тема в разделе google, про яндекс тут не спрашивают)

По делу.

Во первых у вас сайт доступен по двум адресам, с www и без + куча дублей на страницах категорий.

Host в роботсе это конечно хорошо, но этого мало. С учетом того что указан основной адресс www. в индексе как раз больше страниц без www, настройте 301 редирект, по сливайте дубли и будет вам счастье.

На скриншоте показано общее количество отправленных-принятых страниц, смотрите сопли сайта в гугле, картина станет ясней, а не в вебмастере

п.с. сайт внутренне не оптимизирован

Открою вам "секрет", у вас адрес основной по хосту противоположен адресу зарегистрированному в GWT, соответственно GWT вам данные адекватные и не показывает и если вы оставите основной версией с www. то у вас там количество страниц в индексе вообще будет равно 0 по GWT.

Большое спасибо за ответ!