Очистка корзины в менеджере меню чер FTP

В админке ее почистить не пробовали?

Можно еще в phpmyadmin почистить.

Это будет слишком долго, там очень много мусора

Тогда вам в правку соответствующих полей в БД.

Поподробней это как???

---------- Добавлено 27.06.2014 в 01:47 ----------

Как в phpmyadmin отделит опубликовонные от тех что в корзине, а то начал удалять, удалились и опубликовонные

Попробуй выполнить запрос (реальный префикс может быть другой):

DELETE FROM jos_content WHERE state = -2;