Когда в выдаче показываются сайты по региону Россия

Ага, такое бывает. :)

В таких случаях всегда, как раз, главный московский сайт - очень прокачанный и возрастной. Но все же, если поддомен адекватный, то постепенно замещает в своем регионе главный сайт и лучше продвигается. Или может быть такая ситуация - главный домен давным-давно в ЯК и ему все эти регионы присвоены были, однако в дальнейшем возникла необходимость охватить много городов, и поэтому сделали поддомены. Поддомены при этом сделали по всем городам, и тем, что в ЯК, чтобы была адекватная единая система с точки зрения пользователя. И главный сайт оказывается с точки зрения ПС более релевантным, он и показывается в выдаче региона.

Тут ключевое - "вроде как". :) Присвоение разных регионов не убирает аффилирование. Они просто ранжируются по разным городам, но одновременно 2 или более из них не будут по одному региону высоко ранжироваться (это и есть - аффилирование).

Не встречал. Но вручную раньше можно было установить в Яндексе такой регион (в смысле, не в Вебмастере, а в настройках поисковой выдачи).

Проверил сейчас часть своих информационных сайтов, действительно у некоторых есть автоматически присвоенный регион Россия.